La création de la Fraternité Sacerdotale Saint Jean l'Évangéliste s'inscrit dans l'histoire d'une réforme du catholicisme romain amorcée par Dom Carlos Duarte Costa, évêque catholique de Botucatu. Ce dernier fonda l'Église Catholique Apostolique du Brésil, en 1945, après avoir été exclu de l'Église romaine par un décret du Pape Pie XII condamnant, entre autres choses, ses positions prises en faveur des pauvres.
C'est en 1987 que Dom Charles-Rafaël Payeur et Dom Allain Saint-Pierre ont créé la Fraternité Sacerdotale Saint Jean l'Évangéliste qui fut introduite, en juillet 1990, dans la Communion des Églises Catholiques Apostoliques Nationales, par le Patriarche, Sa Béatitude Dom Luis Fernando Castillo Mendès.
La Fraternité Sacerdotale Saint Jean l'Évangéliste a été constituée dans le but de proposer une voie spirituelle qui puisse à la fois répondre aux grandes questions existentielles que se posent bon nombre de nos contemporains, tout en offrant, à ceux qui cherchent à mieux vivre la vie, la possibilité d'entreprendre un véritable cheminement psycho-spirituel.
Comme tout Ordre religieux chrétien, nous célébrons les sacrements. Nous le faisons selon les rituels catholiques traditionnels, utilisés avant le concile Vatican II, afin de respecter l'esprit du catholicisme et d'en préserver le caractère sacré. Ainsi, bien qu'ouvert au dialogue œcuménique, notre Ordre administre exclusivement les sacrements dans l'esprit du catholicisme traditionnel.
Si nous respectons, malgré tout, l'évêque de Rome, nous n'adhérons cependant pas à certaines de ses positions qui nous semblent contraires aux enseignements du Christ. Pensons notamment à celles qui concernent la contraception, le problème du célibat des prêtres, la pastorale face aux divorcés remariés ou l'homosexualité.
Nous croyons en outre que les réformes liturgiques instituées par Paul VI, à la suite du Concile Vatican II, sont préjudiciables à la foi chrétienne et à l'expérience du sacré que tout chrétien est en droit de pouvoir vivre grâce aux supports sacramentels de l'Église.
Enfin, nous croyons à la nécessaire indépendance des Églises nationales, regroupées autour d'un Patriarche, comme au temps de l'Église primitive.
La Fraternité Sacerdotale Saint Jean l'Évangéliste est un Ordre religieux reconnu par le Gouvernement du Québec, en vertu de la Loi sur les corporations religieuses (C-71). Ses prêtres sont reconnus comme ministres du culte et peuvent célébrer des mariages et des bénédictions d'union qui ont force de loi. De même, la FSSJE est reconnue comme un organisme de charité par le Gouvernement du Canada. Les dons reçus peuvent faire l'objet d'un reçu pour déduction fiscale.